Četl jsem nedávný článek Nature Methods od Moon T.S. et al , ve kterém byl vytvořen syntetický genetický obvod skládající se z vrstvených logických bran. Například papír, obvod je modelován na obrázku 4a. Jak je tento obvod počítačově modelován? Můžete mě odkázat na nějaké texty k tomuto tématu na úrovni absolventa?
Následující články jsou dobrým výchozím bodem:
René Thomas, Booleova formalizace obvodů genetické kontroly, Journal of Theoretical Biology , Svazek 42, číslo 3, prosinec 1973, strany 563-585 < = klasický papír v oboru.
Můžete se také podívat na Computational Methods in Systems Biology, International Conference CMSB 2007, Edinburgh, Skotsko, 20. – 21. Září 2007. Sborník, konkrétně kapitola „Rozhodovací diagramy pro reprezentaci a analýzu logických modelů genetických sítí“, autorů A. Naldi, D. Thieffry a C. Chaouiya,
Navrhoval bych také Úvod do biologie systémů Uri Alon .
Osobně jsem se naučil používat tělo JJ Tysona a doporučil bych zejména Sniffers, bzučáky, přepínače a blinkry: dynamika regulačních a signalizačních cest v buňce